Hacia las cuatro de la madrugada del 16 de octubre de 1988 la explosión de un artefacto colocado por la banda terrorista ETA para sabotear la línea férrea Madrid-Irún, pero con el objetivo evidente de asesinar a los artificieros de las Fuerzas de Seguridad que acudiesen a desactivarlos, acabó con la vida del ertzaina JUAN JOSÉ PACHECO CANO. Es cierto que la banda asesina suponía que serían artificieros de la Guardia Civil los que acudirían a inspeccionar las vías férreas, tras sendas llamadas a la asociación de ayuda en carretera Detente y Ayuda (DYA) y a Renfe, como relató José Ramón Goñi Tirapu, entonces gobernador civil de Guipúzcoa:
[El Comando Goierri de ETA] recibió una carta con instrucciones precisas para colocar cuatro bombas en la vía férrea Irún-Madrid; una de ellas escondía una trampa para asesinar al artificiero de la Guardia Civil que, presumían, acudiría a desactivarlas. Ya de paso pretendían paralizar la circulación de trenes durante una semana (El confidente: la negociación con ETA que sí funcionó, Espasa-Calpe, 2005).
La bomba trampa fue ideada por el terrorista Juan Carlos Balerdi Iturralde, añade Goñi Tirapu en el libro.
Lo cierto es que miembros de la banda terrorista ETA colocaron cuatro artefactos explosivos en el interior de dos túneles, en el término municipal de Legazpia, de la vía del tren Madrid-Irún. Una vez colocados, hicieron dos llamadas de aviso a DYA y a Renfe y varios agentes de la Policía Autonómica se desplazaron hasta las vías. Cuando se encontraban inspeccionando el túnel, hicieron explosión dos de los artefactos, provocando la muerte de Juan José Pacheco y heridas leves a otros tres agentes de la Ertzaintza. Las dos explosiones, que se produjeron a las 3:50 y a las 4:11 horas, causaron graves daños en la vía y obligaron a suspender la mayor parte del tráfico ferroviario. La primera explosión no causó daños personales, mientras que la segunda alcanzó de lleno al ertzaina y a sus tres compañeros.
El 20 de octubre el diario Egin publicó el comunicado de ETA en el que reivindicaba el atentado, y lo justificaba, con su verborrea habitual, como "un acto de sabotaje contra la empresa estatal Renfe". En el mismo añadían que el asesinato de Pacheco tenía que ser considerado como un "accidente" porque la Ertzaintza "no supone, por el momento, un objetivo militar".
El sindicato de la Policía Autonómica señaló tras el atentado que la patrulla enviada a inspeccionar el explosivo carecía de la capacitación necesaria. Dirigentes de los partidos vascos, a excepción de Herri Batasuna, condenaron el atentado. El 17 de octubre HB se limitó a decir, muy en sintonía con ETA, como no podía ser de otra forma, que la muerte de Juan José Pacheco era "accidental y lamentable". En su comunicado la coalición proetarra se abstuvo de hacer ninguna alusión al asesinato, el mismo día en Pamplona, del agente de la Guardia Civil Julio Gangoso Otero.
A las seis de la tarde del 17 de octubre tuvo lugar el funeral por Juan José Pacheco Cano en la parroquia de Santa María de Tolosa, con la asistencia del lehendakari José Antonio Ardanza, el vicelehendakari Ramón Jáuregui, y el gobernador civil de Guipúzcoa, José Ramón Goñi Tirapu.
En 1997 la Audiencia Nacional condenó a Jesús María Ciganda Sarratea, Juan Carlos Balerdi Iturralde, Pedro José Echevarría Lete, Fermín Urdian Ciriza y Lourdes Churruca Medinabeitia a sendas penas de 12 años de prisión mayor por un delito de terrorismo y a 30 años de reclusión mayor por un delito de atentado.
Juan José Pacheco Cano tenía 26 años. Era natural de Cáceres y estaba casado. Fue el tercer agente de la Ertzaintza asesinado por la banda terrorista ETA. El 10 de noviembre de 2010 se organizó un homenaje en la Academia de Arkaute a todos los agentes de la Policía Autonómica vasca asesinados por ETA.
