Pasadas las once y media de la mañana del miércoles 29 de julio de 2000, ETA asesinaba en Tolosa (Guipúzcoa) al directivo de Aldeasa y ex gobernador civil de Guipúzcoa JUAN MARÍA JÁUREGUI APALATEGUI. La víctima residía desde tres años antes en Chile, y pasaba unos días de vacaciones en el País Vasco. Era objetivo de ETA desde su época de gobernador civil, no "por ser un buen o un mal hombre, sino por su cargo, ni más ni menos" (Zutabe de agosto de 2000 publicado por Gara en noviembre de ese año).
Jáuregui recibió dos disparos en la nuca cuando se encontraba sentado en una de las mesas del Bar-restaurante Frontón, en compañía del periodista de la televisión autonómica Euskal Telebista, Jaime Otamendi, con el que mantenía una estrecha relación. El exgobernador fue trasladado en una ambulancia medicalizada, todavía con vida pero en estado crítico, a la Clínica de la Asunción de Tolosa. El informe médico indicaba que la víctima presentaba "dos orificios de bala de probable entrada a nivel parietotemporal y occipitoparietal, ambos del lado derecho, con dos orificios de probable salida a nivel poroparietal izquierdo y borde inferior del pabellón auricular del mismo lado". Además, tenía "una mínima actividad electrocardiográfica, por lo que se iniciaron maniobras de reanimación cardiorrespiratoria. Tras 55 minutos, y cesada todo tipo de actividad eléctrica electrocardiográfica, se dejaron de aplicar las medidas de reanimación certificando el fallecimiento del herido" a las 13:30 horas.
Juan María Jáuregui había salido de su casa, situada en su localidad natal de Legorreta, alrededor de las once de la mañana y se dirigió directamente en su coche al bar del frontón Beobide, donde acostumbraba a acudir los sábados cuando estaba de visita en el País Vasco. Según explicó un empleado del local los dos terroristas entraron un cuarto de hora antes de que dispararan contra el ex gobernador civil, cuando la víctima ya se encontraba en el bar. Los dos etarras pidieron una consumición y permanecieron en la barra hasta que, en un momento dado, uno de ellos fue al cuarto de baño. Tras salir, disparó por la espalda a la víctima. Después de disparar, los pistoleros abandonaron el lugar corriendo y continuaron la huida en un coche donde les esperaba un tercer terrorista.
Juan María Jáuregui había salido de su casa, situada en su localidad natal de Legorreta, alrededor de las once de la mañana y se dirigió directamente en su coche al bar del frontón Beobide, donde acostumbraba a acudir los sábados cuando estaba de visita en el País Vasco. Según explicó un empleado del local los dos terroristas entraron un cuarto de hora antes de que dispararan contra el ex gobernador civil, cuando la víctima ya se encontraba en el bar. Los dos etarras pidieron una consumición y permanecieron en la barra hasta que, en un momento dado, uno de ellos fue al cuarto de baño. Tras salir, disparó por la espalda a la víctima. Después de disparar, los pistoleros abandonaron el lugar corriendo y continuaron la huida en un coche donde les esperaba un tercer terrorista.
Se presentaron en el lugar del atentado concejales del PSE-EE, de la coalición PNV-EA y de Euskal Herritarrok (EH), así como el alcalde de la coalición de la izquierda proetarra, Antxon Izaguirre. Algunos de ellos, que fueron compañeros de Jáuregui cuando ocupó el cargo de concejal en el Ayuntamiento de la villa papelera, no pudieron contener las lágrimas al conocer que había fallecido. El cadáver del ex gobernador civil fue trasladado a las 15:00 horas al Instituto Anatómico forense de Polloe, en San Sebastián, donde se le practicó la autopsia. A continuación, el cuerpo fue conducido hasta la Casa del Pueblo de la capital donostiarra, donde quedó instalada la capilla ardiente.
El dirigente socialista había abandonado el País Vasco en 1996, después de cesar en su cargo al perder el PSOE las elecciones generales de ese año y ser informado de que era objetivo de la banda terrorista. En abril de 1996, miembros del grupo Donosti proyectaron asesinarlo mediante un coche-bomba. El plan consistía en atraer al gobernador civil al barrio donostiarra de Alza asesinando previamente a un guardia civil que residía en la zona y, una vez constatada su presencia, hacer explotar el coche bomba estacionado en una curva de las inmediaciones. El plan se descubrió a raíz de la desarticulación parcial del grupo Donosti un mes antes, con la detención del etarra Valentín Lasarte. La documentación incautada por la Ertzaintza puso de manifiesto que Jáuregui era objetivo de ETA y que había sido sometido a una prolongada vigilancia por confidentes de la banda. Además de las características y matrículas reservadas de los vehículos oficiales utilizados por el gobernador civil y sus escoltas, y el punto idóneo para estacionar el coche-bomba, ya entonces los etarras conocían al detalle las costumbres del gobernador civil como sus visitas al café Frontón de Tolosa, donde fue abatido a tiros. El seguimiento se extendió también a Legorreta, su pueblo natal.
El ex gobernador civil pidió al ministro de Interior, Jaime Mayor Oreja, que hiciera gestiones para encontrarle una ocupación fuera del País Vasco. De este modo, Jáuregui comenzó a trabajar en la empresa de la cadena de tiendas de aeropuertos Aldeasa, siendo trasladado en un primer momento a Canarias, donde fue ascendido como jefe de la empresa para Sudamérica, fijando su residencia en Chile desde 1997. El 4 de agosto de 2000 tenía que viajar a Buenos Aires (Argentina) y tras el verano tenía previsto regresar de nuevo a España para instalarse en Madrid como subdirector del área de Internacional de la compañía.
El delegado del Gobierno en el País Vasco, Enrique Villar, señaló que Juan María Jáuregui no llevaba escolta porque su residencia estaba fijada fuera del País Vasco y añadió que no tenía conocimiento de que estuviese en España. En este sentido, el delegado del Gobierno indicó haber hecho todo lo posible, junto al Gobierno del PP, "para sacarle del País Vasco donde corría un gran peligro". Sin embargo, fuentes socialistas indicaron que allegados del ex gobernador civil habían pedido protección policial a la Ertzaintza cuando supieron que Jáuregui iba a llegar al País Vasco. Estas fuentes indicaron que, días antes de que Juan Mari llegara desde Chile a Legorreta, aparecieron en su casa unas pintadas, lo que motivó que sus familiares solicitaran protección a la Policía Autonómica. El departamento de Interior del Gobierno Vasco desmintió este aspecto a través de su gabinete de prensa: "Los familiares no habían pedido a la Ertzaintza protección. Por su condición de ex gobernador civil, siempre tuvo protección de la Policía Nacional. Pero en este caso, insistimos en que no se había solicitado protección a la Ertzaintza".
En febrero de 2004 la Audiencia Nacional condenó a Patxi Xabier Makazaga e Ibon Etxezarreta a 39 años de cárcel, y a Luis María Carrasco a 36 años. Los tres eran miembros del grupo Buruntza de ETA a los que dirigentes de la banda, sabiendo que Jáuregui estaba en Guipúzcoa, les encargaron que lo asesinaran. Lo intentaron el 22 de julio, pero desistieron al encontrarse en El Frontón personas que les conocían. Sí lo consiguieron una semana más tarde, el 29 de julio. Mientras Etxezarreta se quedaba a la espera en el vehículo en el que luego emprenderían la huida, Carrasco y Makazaga entraron en el bar y pidieron unas consumiciones. Cuando se cercioraron de que era factible, Makazaga se acercó a Jáuregui y le disparó por la espalda dos tiros en la cabeza.
Juan María Jáuregui Apalategui, de 44 años, estaba casado con Maixabel Lasa. El matrimonio tenía una hija, María, de 19 años, que en el momento del asesinato se encontraba practicando montañismo en Leiza con unos amigos. Era euskaldún nacido en Legorreta, en la comarca guipuzcoana del Goyerri, militó durante su juventud en la lucha antifranquista y durante un periodo corto de tiempo en las filas de ETA. Cuando se escindieron las ramas de ETA-V y ETA-VI Asamblea "Jáuregui se comprometió con esta última opción, que abandonaba la lucha armada. El sector mayoritario de ETA-VI evolucionó pronto hacia el trotskismo, lo que no aceptó un grupo denominado los ‘minos’ (minoritarios), que era partidario de una aproximación a la izquierda tradicional representada por el Partido Comunista" (El País, 31/07/2000). Juan Mari llegó a ser encarcelado por participar en las protestas contra el juicio de Burgos. Estuvo afiliado al partido comunista desde 1973 y hasta mediados de los ochenta, cuando se integró en el Partido Socialista de Euskadi (PSE-PSOE). También estuvo muy activo en Comisiones Obreras.
Cursó estudios de Sociología en la Universidad de Deusto y fue concejal del Ayuntamiento de Tolosa por el PSE-EE (PSOE), cargo que desempeñó hasta ser nombrado gobernador civil de Guipúzcoa por el Consejo de Ministros en septiembre de 1994 a instancias del entonces ministro de Justicia e Interior, Juan Alberto Belloch. Jáuregui sustituyó en el cargo a José María Gurruchaga, que procedía de la época de José Luis Corcuera y mantenía fuertes enfrentamientos con la secretaria de Estado para la Seguridad, Margarita Robles. Robles quería sacar adelante una investigación sobre torturas en el cuartel de Intxaurrondo y sobre lo que entonces era el incipiente ‘caso Lasa- Zabala’. En los dos años siguientes, Jáuregui colaboró desde el Gobierno Civil en la investigación del comisario Enrique de Federico sobre el caso. En mayo de 1996 fue destituido como gobernador civil por el primer gobierno del PP. "Juan Mari Jáuregui (era) un buen exponente de esa generación de vascos de izquierdas que sufrieron la cárcel con Franco y la muerte con ETA", dijo de él su compañero de partido Ramón Jáuregui (El Diario Vasco, 31/07/2000).
En septiembre de 2000, sus familiares y amigos esparcieron las cenizas de Jáuregui en un paraje de su localidad natal. Su viuda, Maixabel Lasa, descubrió un monolito con un lauburu (estela funeraria vasca) y la inscripción en euskera "Los que te queremos te recordamos". El monolito fue destruido por unos vándalos en mayo de 2008. Maixabel, entonces directora de Atención a las Víctimas del Gobierno vasco, aseguró que lo restaurarían todas las veces que fuera necesario. Ese mismo año, en noviembre, la banda terrorista señaló a Maixabel como "una militante antiabertzale que derrama lágrimas de cocodrilo" en las que "diluir la opresión del pueblo vasco". Al verse en el punto de mira de ETA, Maixabel llegó a plantearse abandonar el País Vasco.
