Poco después de las diez de la mañana del martes 29 de agosto de 2000, la banda terrorista ETA asesinaba en Zumárraga (Guipúzcoa) al concejal del Partido Popular en la localidad MANUEL INDIANO AZAUSTRE, cuando se encontraba solo atendiendo un comercio de golosinas de su propiedad. Los terroristas, miembros del grupo Buruntza de ETA, lo acribillaron disparándole hasta catorce disparos, de los que al menos siete impactaron en el pecho y el abdomen, causándole la muerte.
Después de trabajar durante algún tiempo en una empresa en Urrechu, Manuel se había quedado en el paro y decidió adquirir, en régimen de traspaso, un pequeño negocio en la calle Islas Filipinas de Zumárraga. Después de realizar reformas en el local lo había abierto al público dos meses antes de ser asesinado. El Kokolo era una tienda donde se vendían golosinas, revistas y pan. Cuando los terroristas entraron en la tienda, el edil intentó huir, refugiándose en la trastienda, pero los etarras lo siguieron y le acribillaron a disparos. Un cliente lo encontró tendido agonizando en el suelo de la parte trasera del negocio. Trasladado al Hospital Comarcal de Zumárraga, los médicos intentaron reanimarlo, pero no pudieron hacer nada y certificaron su muerte una hora después del ingreso.
Indiano no llevaba escolta desde el 3 de abril de ese mismo año. Renunció a ella, pese a las recriminaciones de sus compañeros de partido, por considerarla incompatible con la venta de dulces a los niños. El edil había barajado la posibilidad de dejar el Ayuntamiento, pero no se decidió a tiempo.
Manuel Indiano no era militante del Partido Popular, pero había concurrido como independiente en el puesto número seis de las listas populares. Tras las elecciones, el PP sacó dos concejales en Zumárraga, pero el segundo en la candidatura, Faustino Villanueva, renunció a su cargo alegando incompatibilidad con su trabajo en Proyecto Hombre, institución dedicada a la rehabilitación de drogodependientes. Las tres mujeres que le precedían en la lista renunciaron a reemplazarlo, por lo que Indiano ocupó el puesto de Villanueva. Llevaba sólo seis meses ejerciendo cuando fue asesinado.
ETA reivindicó el asesinato mediante un comunicado enviado al diario Gara el 22 de septiembre en el que decía que Indiano había sido traído de España por el PP "para rellenar su lista". En el mismo comunicado la banda terrorista reivindicó el atentado contra José Ramón Recalde el 14 de septiembre de 2000, que sobrevivió al atentado pese a recibir un disparo en la cabeza.
Los padres del concejal, que vivían en Madrid decidieron no viajar a Zumárraga el día de su asesinato debido a que estaban muy afectados. Sí se trasladaron hasta la localidad una hermana y un hermano del fallecido, quienes velaron su cadáver en el tanatorio del cementerio de Polloe, donde se le practicó la autopsia. La familia decidió que las honras fúnebres por Manuel Indiano se celebraran al día siguiente, 30 de agosto en Madrid. En Zumárraga también se celebró el 30 de agosto una misa en recuerdo del edil asesinado.
Tras el pleno del Ayuntamiento de Zumárraga en el que representantes del PP y del PSOE increparon a los de Euskal Herritarrok, se celebraron dos manifestaciones. Por un lado, socialistas y populares se manifestaron bajo el lema "ETA, basta ya". Por otro, los nacionalistas, con la pancarta "ETA, déjalo. El pueblo tiene la palabra".
Diez años después del asesinato, en noviembre de 2010, la Audiencia Nacional condenó a 31 años y 6 meses de prisión a Francisco Javier Makazaga por el asesinato de Manuel Indiano. La sentencia da por probado que Makazaga y otros dos etarras no identificados dispararon "no menos de 14 veces, al menos seis de ellas por la espalda" al concejal cuando se encontraba en su establecimiento. Destaca, además, que el etarra debe ser condenado al máximo legal dada "la saña" empleada en su muerte. Los magistrados han tenido en cuenta a la hora de dictar sentencia la situación de absoluta desprotección de la víctima y el lugar donde se ejecutó el atentado, "una tienda de golosinas y pan a la que acuden menores", y califican al asesino como alguien "frío, carente de toda empatía y del más mínimo rasgo de humanidad". Entre las pruebas valoradas por el tribunal para la condena, se encuentra una carta remitida por el etarra tras su detención, un año después de los hechos, a la dirección de ETA en Francia en la que había escrito de su puño y letra: "Los tres hicimos lo de Indiano".
En una carta remitida a los medios de comunicación en octubre de 2010, cuando el juicio quedó visto para sentencia, la viuda de Indiano dijo:
"(...)Tras 10 años del asesinato de mi marido Manuel Indiano, hoy la justicia ha sentado en el banquillo a uno de sus asesinos, a los cuales digo alto y claro que nunca les perdonaré el asesinato de Manuel, como tampoco el dolor y daño causado a mi familia y a mí misma como consecuencia de tan vil asesinato. Pido a los jueces que caiga sobre este asesino todo el peso de la Ley, ya que a mi marido lo asesinaron a traición sin darle la oportunidad de defenderse, ellos se benefician de nuestra democracia, hoy tienen un juicio justo. Por eso no se les debe de conceder ninguna clemencia. Pido al Gobierno que en nombre de mi marido no se ceda al chantaje de los terroristas, a Manuel lo asesinaron por defender España, y el gobierno de su país no puede ni debe mancillar su memoria trapicheando con sus asesinos. Pido a Instituciones Penitenciarias que no apliquen ningún privilegio a este asesino, bastantes beneficios a los terroristas hemos tenido que soportar las víctimas del terrorismo. Pido al Ministro de Interior que este asesino cumpla condena en la cárcel más lejana al País Vasco, no me importa que los familiares de este asesino tengan que hacer cientos de kilómetros para ver a su hijo, ellos lo verán con vida, mi hija y yo hacemos también cientos de kilómetros para poner flores en una tumba, espero no tener que ver al Ministro diciendo que este terrorista no es de ETA como lo ha hecho este verano con otros compañeros de pistolas del asesino de mi marido".
Manuel Indiano Azaustre, de 29 años, era natural de Madrid, donde fue enterrado. En esa ciudad estudió electrónica y se trasladó a Zumárraga tras iniciar una relación con Encarnación Carrillo, que trabajaba entonces como limpiadora en el Ayuntamiento de la localidad. Encarnación estaba embarazada de siete meses cuando asesinaron a Manuel. Debido al estado en que se quedó al enterarse del asesinato de Manuel, los médicos decidieron que ingresara en observación en el Hospital de Zumárraga. A lo largo de toda la mañana se acercaron al centro hospitalario representantes políticos, como la presidenta del PP en Guipúzcoa, María San Gil, los socialistas Rodolfo Ares y Manuel Huertas, Begoña Lasagabaster, de Eusko Alkartasuna, además del portavoz del Gobierno vasco, Josu Jon Imaz, y el delegado del Gobierno en el País Vasco, Enrique Villar.
La hija de Manuel y Encarnación, María, nació en octubre de 2000. La concejala de Bienestar Social de Zumárraga, Usua Busca, de Eusko Alkartasuna (EA) se volcó a la hora de ayudar a Encarnación, hasta el punto de amadrinar a la hija del edil asesinado. Este fue el motivo por el que el entorno proetarra inició una campaña de acoso y derribo contra ella, que tomó la decisión de dimitir como concejala en enero de 2002. Usua Busca no asistió al pleno en el que se formalizó su renuncia, pero se leyó una carta en la que explicaba que dejaba su cargo debido a las amenazas sufridas por ella y su familia. Entre otras, un falso aviso de bomba en su domicilio y manifestaciones delante de su casa de simpatizantes de ETA. Encarnación acabó poniendo tierra por medio y se instaló en Andalucía, con su hija Ayeisha, nacida de un matrimonio anterior, y la pequeña María.
