El 9 de septiembre de 1987 la banda terrorista ETA asesinaba en Guernica (Vizcaya) a otros dos guardias civiles mediante la explosión de un coche-bomba. Pocos minutos antes de las diez y media de la noche del 9 de septiembre de 1987, el cabo FEDERICO CARRO JIMÉNEZ y el guardia MANUEL ÁVILA GARCÍA, que patrullaban vestidos de paisano en un vehículo oficial, pero sin distintivo alguno, se acercaron a un automóvil, un Ford Fiesta de color rojo que les resultó sospechoso. Cuando se disponían a inspeccionarlo, se produjo la explosión del mismo mediante un mando a distancia accionado por el asesino Juan Carlos Balerdi, miembro del grupo Éibar de ETA.
Federico Carro Jiménez, cabo de la Guardia Civil de 29 años y soltero también, era natural de León. Había ingresado en el Cuerpo el 2 de febrero de 1982 y ascendió a cabo en octubre de 1986. Estaba destinado en Guernica desde el 1 de abril de 1987. Su padre, Federico Carro Villagómez, era coronel de aviación, ya retirado en el momento en que asesinaron a su hijo. Carro Jiménez fue enterrado en Burgos. En abril de 2010 el Ayuntamiento de León decidió, tras una propuesta de la Asociación de Víctimas del Terrorismo (AVT), cambiar el nombre de la calle Víctimas del Terrorismo por el de Federico Carro.
La explosión provocó la muerte en el acto del guardia Manuel Ávila y heridas gravísimas al cabo Federico Carro, con pérdida del setenta por ciento de masa encefálica, falleciendo mientras se le trasladaba al Hospital de Cruces. A mitad de camino, a la altura del puente de Balmasín, la ambulancia sufrió una avería y tuvo que ser asistida por una dotación de la Cruz Roja de Baracaldo, que completó el traslado.
El coche-bomba estaba estacionado a unos cincuenta metros de la casa cuartel de la Guardia Civil, a las afueras de Guernica -en la carretera que conduce a Lequeitio-, en un camino vecinal y junto a una chabola. Los guardias civiles asesinados se ocupaban del reconocimiento del itinerario que separa la fábrica de armas Astra, Unceta y Cía. del acuartelamiento.
La onda expansiva del artefacto alcanzó a la chabola próxima al coche bomba, que ardió completamente. El fuego alcanzó también unos cables de electricidad de alta tensión, por lo que algunos barrios de Guernica quedaron sin suministro eléctrico durante varias horas. Asimismo, las casas colindantes al cuartel sufrieron diversos desperfectos, como rotura de cristales. La casa cuartel, sin embargo, no resultó afectada, pero el apagón de luz, que afectó a calles y carreteras colindantes, provocó algún accidente y añadió confusión a la situación.
Tras producirse el atentado, efectivos de la Guardia Civil, a los que se unieron miembros de la Policía Municipal de Guernica y de la Ertzaintza, paralizaron el tráfico e hicieron discurrir la circulación por una ruta alternativa, mientras varios centenares de vecinos se congregaron en el lugar de los hechos para enterarse de lo ocurrido. Asimismo, miembros del equipo de desactivación de explosivos de la Guardia Civil rastrearon los alrededores con perros adiestrados en previsión de que pudiera haber sido colocada alguna otra bomba.
La capilla ardiente con los restos mortales de los guardias civiles asesinados se instaló al día siguiente por la mañana en el Gobierno Civil de Vizcaya. A las siete de la tarde se celebraron los funerales en la parroquia de San José de los Padres Agustinos de Bilbao.
César Milano Manso, gobernador civil de Álava y delegado del Gobierno en el País Vasco en funciones, manifestó tras el atentado, en declaraciones a Antena 3, que el Ejecutivo no iba a cambiar la estrategia de la lucha antiterrorista y que seguiría "con las medidas policiales y las medidas políticas". Milano hizo un llamamiento a los ciudadanos para que ayudasen a todos los poderes públicos "a acabar con esta lacra", y calificó el atentado de una nueva venganza del "sindicato del crimen". "ETA pretende poner en tensión a la sociedad para conseguir sus objetivos, si es que los tienen claros y si, por otro lado, fueran alcanzables". Milano recordó que él había calificado el asesinato del subteniente de la Guardia Civil Cristóbal Martín Luengo el día anterior de venganza de ETA por la desarticulación del grupo Barcelona, y dijo que este nuevo atentado, en sólo cuarenta y ocho horas, era una nueva venganza por el mismo motivo.
La Asociación por la Paz en Euskadi fue la primera formación en condenar el doble asesinato y convocó para el día siguiente concentraciones silenciosas en diversas localidades del País Vasco.
Al día siguiente, la banda terrorista ETA atacó con granadas el acuartelamiento de la Guardia Civil en Ordicia (Guipúzcoa), causando sólo desperfectos materiales. Sólo uno de los cinco proyectiles impactó en la fachada principal del cuartel. Otra granada estalló en el aparcamiento de la Compañía Auxiliar del Ferrocarril, colindante al acuartelamiento, dañando varios de los vehículos estacionados.
En 1994 la Audiencia Nacional condenó a Jesús María Ciganda Sarratea, Juan Carlos Balerdi Iturralde, alias Eneko, Fermín Urdiain Ciriza, alias Txiki, Iñaki Zugadi García y Miren Josune Onaindia Susaeta a más de 62 años de cárcel a cada uno de ellos. Pese a estas condenas, y a otras impuestas por otros asesinatos cometidos como integrante del grupo Éibar de ETA, Fermín Urdiain fue puesto en libertad en enero de 2006, tras haber cumplido sólo 16 años y 9 meses de prisión. En el atentado que acabó con la vida de Manuel Ávila y Federico Carro también participó el etarra Cándido Zubikarai Badiola, que fue quien trasladó a los etarras hasta Guernica para colocar el coche-bomba y los escondió posteriormente en su domicilio en Ondárroa.
En relación con este atentado la Policía detuvo al día siguiente en Bilbao por su presunta relación con el doble asesinato a un agente de la Ertzaintza y a su esposa. Se trataba de Pedro Gamecho Léniz y de Lidia Zabala. La infiltración de etarras y proetarras en la Policía Autonómica vasca, o su captación posterior por la banda terrorista, ha sido un problema grave en este cuerpo policial. La mayoría de los ertzainas detenidos por sus vinculaciones con ETA pertenecían a las primeras promociones, cuando los sistemas de selección no contaban con los filtros que se desarrollaron posteriormente. Hasta once ertzainas han sido detenidos por formar parte de la quinta columna de ETA en la Policía Autonómica vasca desde la creación del cuerpo, tal y como informaba el diario ABC en su edición del 19 de julio de 1993.